Der Bootmanager macht den Flash beim neuflashen vorher automatisch leer.
Wenn bereits Linux drauf ist musst Du nicht unbedingt den Bootmanager anwerfen. Per FTP geht das viel einfacher und schneller. Auch dabei wird das alte Imgae vorher automatisch gelöscht.
Hier: http://www.spinnes-board.de/vb/showthread.php?t=93041