Per Batchdatei bekommt man das auch hin. Ist bei mir aber lange her, müsste mich erst wieder einlesen.
Nur um auf Nummer sicher zu gehen, du möchtest das hier realisieren:
IST
	Code:
	D:\Musik\
    |
    |--Verzeichnis_001\
    |           |
    |           |-- Unterordner_1\
    |                     |
    |                     |--musik_01.mp3
    |                     |--musik_02.mp3
    |
    |--Verzeichnis_002\
    |           |
    |           |-- Unterordner_1\
    |                     |
    |                     |--musik_01.mp3
    |                     |--musik_02.mp3
    |
    |--Verzeichnis_003\
                |
                |-- Unterordner_1\
                          |
                          |--musik_01.mp3
                          |--musik_02.mp3
 SOLL
	Code:
	D:\Musik\
    |
    |--Unterordner_1\
    |           |
    |           |--musik_01.mp3
    |           |--musik_02.mp3
    |
    |--Unterordner_2\
    |           |
    |           |--musik_01.mp3
    |           |--musik_02.mp3
    |
    |--Unterordner_3\
                |
                |--musik_01.mp3
                |--musik_02.mp3
 CU rqs
PS: Einige Programme zum Organisieren von Mediadateien können das ebenfalls, z. B. MediaPurge. Vorher das Backup nicht vergessen!