Am 4. März 2013, wenige Tage vor seinem Ausscheiden aus dem Präsidentenamt, beschloss der Senat des Parlaments der Tschechischen Republik, Klaus vor dem Verfassungsgericht der Tschechischen Republik wegen Hochverrats anzuklagen. Begründet wurde der Vorwurf vor allem mit einer von Klaus am Jahresanfang 2013 verfügten Amnestie für mehrere Tausend Gefangene.
Aufgrund der Amnestie wurden auch Prozesse gegen der Finanzbetrügerei Beschuldigte eingestellt, die zahlreiche Menschen um beträchtliche Geldsummen gebracht haben sollen.[17]. Daneben wurde die Klage mit wiederholten Verzögerungen bei der Ernennung von Verfassungsrichtern und der Weigerung begründet, mit seiner Unterschrift die Ratifikation des Vertrags über den Europäischen Stabilitätsmechanismus abzuschließen.[18] Das Verfassungsgericht teilte am 27. März 2013 mit, es habe kein Verfahren eingeleitet, weil Klaus nicht mehr im Amt sei. Inhaltlich machte das Verfassungsgericht keine Äußerung zu den Vorwürfen.[19]