Mit Linux kenne ich mich nicht aus, aber ich könnte mir vorstellen, das sowas auch mit Acronis TrueImage via Windwos geht.

Dies benutze ich immer um das Laufwerk C komplett zu spiegeln, sollte wohl auch mit einem USB-Stick funktionieren. Anschließend könntest du das erstellte Image auf den zweiten Stick drauf machen und müßtest eine 1:1 Kopie haben.