Im Grunde haben wir die gleiche Ausstattung (Philips + MC 3.0), nur das ich das GLJ von 09/2008 besitze, kann mir aber nicht vorstellen das es daran liegt.
Deine Aussage, das der Server sogar minutenlang ausfällt macht mich stutzig.
Evtl. ist dein Image überladen bzw. defekt.
Da du bereits einiges versucht hast, würde ich noch mal von ganz vorne anfangen.
Die DBox neu flashen, alles unnötige bei GLJ entfernen bzw. drauf achten das der Füllstand keine 90% erreicht.
Nur NewCS1.65 mit der CCcam2.0.11 online herunterlanden, deine Config einspielen und dann schauen ob die Serverbox überhaupt stabil läuft.
Solange das nicht der Fall ist, wundert es mich auch nicht, das deine Clienten ruckeln.
Vermeide unbedingt irgendwelche Listen wie ignore.list, priority.list -auch bei den Clienten-, diese machen im internen Netz keinen Sinn, vorallem nicht bei deinem Abo.