Jaja sowas kenne ich.
Ziehe alles bis auf die C: ab, dann neustarten. Danach die zweite Platte anschlieszen und konfigurieren. Geht mit PartionMagic oder ähnlichem Programm komfortabler. Wieder Neustart und kontrollieren ob alles ist wie du willst.
Ist alles ok erst dann die Wechsellaufwerke wieder anschlieszen.

So musz ich es jedenfalls bei meinen Sechs Platten und drei Laufwerken machen, sonst geht auch alles wüst durcheinander.