Oder es liegt an Tuneup Utilities, da kann man viel mit falsch machen. Zudem läuft das Tool leider nicht mehr so zuverlässig wie die 2007er Version.

Einmal gibt es eine Einstellung,die Auslagerungsdatei zu leeren/löschen,das dauert u.U. ewig, sollte abgeschaltet sein.
Dann gibt es den Timeout für hängende Programme/Dienste, den mal auf 2000 MS stellen.
Weiterhin hilft wie erwähnt von Satin, was steht im Ereignislog?
Wenn es kein Notebook ist, alle Ernergieabschaltfunktionen ausschalten,gilt für alle USB ROOT und für alle Netzwerkkarten, findet man in Geräte konfigurieren/Ernergieotionen/Funktionen.
Weiterhin kann man mit Windowsmitteln eine erweiterte Logdatei erstellen lassen beim booten(Schalter in der Boot.ini),möglicherweise gibt es Konflikte.