Truecrypt kommt im Übrigen Ende des Monats auch mit einer Version, die ganze Partitionen crypten kann,siehe hier:
TrueCrypt 5.0
Release scheduled for: January 2008
* Windows system partition encryption with pre-boot authentication
* Mac OS X version
* GUI for Linux versions of TrueCrypt
* Parallelized and pipelined read/write
and more.
The following features are planned to be implemented in future versions:
* Support for external authentication modules (cryptographic tokens)
* 'Raw' CD/DVD volumes
* TrueCrypt API
and more.
Trotzdem würde ich keine System Partition crypten, der Ärger ist vorprogrammiert.