Truecrypt kommt im Übrigen Ende des Monats auch mit einer Version, die ganze Partitionen crypten kann,siehe hier:
TrueCrypt 5.0
Release scheduled for: January 2008


* Windows system partition encryption with pre-boot authentication

* Mac OS X version

* GUI for Linux versions of TrueCrypt

* Parallelized and pipelined read/write

and more.


The following features are planned to be implemented in future versions:

* Support for external authentication modules (cryptographic tokens)

* 'Raw' CD/DVD volumes

* TrueCrypt API

and more.

Trotzdem würde ich keine System Partition crypten, der Ärger ist vorprogrammiert.