Pins eher nicht, da eh die HDD im Bios sieht.
Was ist denn auf der HDD, ein Betriebssystem?
Falls nein,womit bootest Du denn, mit einer anderen interen HDD(ich setze voraus,daß die nicht akzeptierte HDD keine externe HDD ist, richtig?)?

Sind die HDDs richtig gejumpert, kann dein Windows Large IDE Access?
Ist es eventuell ein dynamischer Datenträger?
Hast Du mal mit Acronis Diskdirector auf die HDD geschaut, was zeigt dieses Tool an?